Бэкап - представляет из себя копию системы и программ. Нужен на тот случай, если телефон после некорретно сделанного обновления или неофициального джейлбрейка, установки специфичной программы стал некорректно работать, также имеет смысл его делать, так как обновление может закрыть уязвимость через которую можно сделать джейлбрейк.
Бэкап делается программой Zune при обновлении прошивки, он хранится по адресу "%localappdata%\Microsoft\Windows Phone Update". После каждого обновления, существующий бэкап, заменяется на новый, в связи с этим имеет смысл его предварительно скопировать.
Не только Zune умеет делать бэкап, также можно воспользоваться альтернативными программами. Список некоторых программ из каталога:
WP7 Easy Backup Tool
Backup App
Windows Phone Device Manager